İman Gözüyle Bilimi Değerlendirebilmek
- De ki: O Allah, birdir. (İhlas Suresi, 1)
- Allah, Samed’dir (herşey O’na muhtaçtır, daimdir, hiçbir şeye ihtiyacı olmayandır). (İhlas Suresi, 2)
- O, doğurmamıştır ve doğurulmamıştır. (İhlas Suresi, 3)
- Ve hiçbir şey O’nun dengi değildir. (İhlas Suresi, 4)
Kuran bütün yüzyıllara bakan büyük bir mucizedir. Günümüzde de pek çok problemin esasını tam olarak tarif etmiş ve doğrusunu en güzel bir şekilde açıklamıştır. Geçtiğimiz son iki yüzyılda insanoğlu bazı yanlış felsefelerin etkisine girmiş ve bundan etkilenen ideolojiler insanları büyük acılara sürüklemiştir. İhlas suresindeki insanlığı aydınlatan bu ayetler insanoğlunun içine düştüğü durumdan çıkmanın çok güzel bir yol göstericisidir.
Yaşadığımız bu harikulade evren, harika dünyamız, içinde birbirinden güzel bitkilerin, meyvelerin, hayvanların olduğu mekanımız ve canlılardaki her bir detay içimizde büyük bir hayranlığa yol açar. Bu hayranlığımız bütün bunları yaratan Allah’adır. Halbuki diyalektik materyalizm ve onun doğaya uygulanmış hali olan evrim teorisi insanlardaki bu hayranlığı köreltirler.
Bütün bu harika yapıların zıtların basit bir çatışması ve tesadüf eseri olarak göstermeye çalışırlar. Elbette ki en basit bir akli değerlendirme, vicdanla bakılan bir bakış hiçbir harika yapının tesadüfen olamayacağını söyler. Dolayısı ile bütün insanoğlunun vicdanı, ruhu, bilinçaltı bu açık gerçeği bilir ve kabul eder. Ne var ki sözünü ettiğimiz felsefeler son 150 yılda özellikle iddialarını bilimsellik kılıfı ile yapmaktadırlar. Çok açık olan yanlış iddialarını bu yolla maskelemektedirler.
Gerçek bilimsel bulgular, teknik yollarla ulaştığımız bilgiler ile yanlış varsayımları birbirine karıştırarak insanların gözünde bir tür illüzyona sebep olmaktalar. Bu iki hal yani gerçek bilimsel veriler ile inkarcı iddialar arası ayrıldığında ise bütün gerçekler daha açık bir şekilde gözükmektedir. Bu yüzden gelin beraber özellikle son iki yüzyıllık eriştiğimiz teknik bilgiler ile nasıl hayranlık uyandıran nimetlerle donatıldığımıza şahit olalım ve bütün bu harikaların tesadüfler eseri olamayacağını net bir şekilde görelim.
Yüzlerce maddeden sadece iki tanesini incelediğimizde bile bunun mümkün olmadığını hemen görebiliriz.
- Canlılığın temelinde çatışma değil birlik olma vardır
En küçük hayat birimi olan hücreye bakalım. Bu organize yapının içinde olanlar gerçekten benzersizdir. Hücrenin hangi detayına baksak mutlaka ortaklaşa bir yardım ve el ele vermenin olduğunu görürüz.
Örnek olarak proteinleri ele alalım ve herhangi bir proteinin olabilmesi için neler gerekiyor maddeler halinde kısaca düşünelim:
Bir proteinin:
- DNA’da bilgisinin kodlanmasına,
- Bu bilginin başlangıç ve bitiş bölgelerini gösteren bölgelere[1],
- Bu bilginin bağlanıp hücredeki ihtiyaçlara göre üretimin başlamasını sağlayan transkripsiyon faktörlerine ve bunların DNA’daki bağlanma bölgeleri olan promotor bölgelere[2],
- DNA’dan okumanın yapılmasını sağlayan enzim ve proteinlere[3],
- Bu okuma neticesinde elde edilen mRNA adlı şablon yapıya,
- Bu yapıdan üretim yapan ribozomlara. Ki bunlar da proteinlerden oluşur,
- Ribozomun doğru zaman ve şartlarda üretime başlamasını sağlayan başlangıç faktörlerine ki bunlar da proteindir,
- Ribozomun protein zincirini büyütmesini sağlayan faktörlere,
- Ribozomun işi bittiğinde devreye giren sonlandırma faktörlerine[4],
- Ribozomun ihtiyaç duyduğu aminoasitlere,
- Bu aminoasitleri ribozoma taşıyan tRNA’lara,
- Aminoasitleri tRNA’lara bağlayan enzimlere[5],
- Bu aminoasitlerin miktarını hücre içinde kontrol eden yapılara ve eksikliğinde ya üreten sistemlere -ki bunlar da proteinlerden oluşur- ya da hücre dışından hücre içine taşınmasını sağlayan kapı proteinlerine. Ki bunların da hücre zarına taşınmasında ve yerleştirilmesinde proteinlere ihtiyaç vardır[6],
- Üretilen proteinlerin görevlerini yapabilmeleri için 3 boyutlu yapılarına katlanmasına yardımcı olan şaperon proteinlerine ihtiyaç duyulur.
- Proteinlerin gideceği bölgede görevlerini yapabilmesi için ek değişiklikler yapan enzimlere- ki şu ana kadar 1150’den fazla örneği tespit edilmiştir. [7]
- Pek çok protein görevlerini metallerin de bulunduğu ek yapılarla yapabilmektedir. Bu yapıların yapımı ve metallerin proteinlere taşınması için de yine proteinlere ihtiyaç vardır. [8]
- Her proteinin görev yerini belli eden etiketlere ihtiyacı vardır ki bunlar hücrede müthiş bir posta sistemi ve adreslendirme sistemi olduğunu gösterir[9]
- Bunların yanı sıra bu etiketleri anlayıp doğru yerlerine götüren postacı gibi çalışan proteinlere,
- Gittiği yerlerde onu karşılayan ve ek şekil değiştirmelere sebep olan proteinlere[10]
- Görev yerine vardığı için atılması gereken etiket yapıyı kesen ve uzaklaştıran enzimlere, [11]
- Doğru yere yerleştiren proteinlere.
- Yol boyunca kimi zaman hücredeki olumsuz şartlardan etkilenmesini engelleyen paketçiklere,
- Bu paketçikleri elden ele ileten proteinlere,
- Üretilen proteinin miktarının yeterli olup olmadığını kontrol eden sistemlere,
- Üretilen proteinin zamanla bozulup bozulmadığını kontrol eden yapılara,
- Bozulma varsa ve bu tamir edilebilecek sınırlar içinde ise tamir eden proteinlere gereksinim duyulur.[12]
- Kimi proteinler de ribozomdan üretim yapıldıktan hemen sonra proteinleri kontrol ederler. Bozulmuş proteinleri çepeçevre saran bu proteinler adım adım tekrar doğru hallerine katlarlar. [13]
- Eğer proteindeki bozulmanın önüne geçilemiyor ise bu tip proteinin hücre için zararlı olacağı sonucuna varan ve imha sürecine başlayan sistemler gerekir.
- Bu tip hasarlı proteinlerin öncelikle etiketlenmesi gerekir ki bunun için etiketleme yapan sistemlere ve bu etiketli proteinleri imha edecek öğütme makinelerine ihtiyaç vardır ki bunlar da yine proteinlerden oluşur.[14]
- Bütün bu süreçlerde kullanılan küçük birer pilcik hükmünde olan enerji paketçikleri (ATP, GTP) olmadan da bunların hiçbiri gerçekleşmez.
Bu makalede çok küçük bir bölümünü verdiğimiz bütün bu şartların olduğu bir hücrede ancak protein sistemi düzgün çalışmaktadır. Ve hücre hayatına ancak devam edebilmektedir. Bu yapılardaki eksikler de hücrenin evrilmesine değil hastalıklara, kanserlere ve ölümlere sebep olmaktadır.
Görüldüğü üzere birbirinden çok farklı yapılar elele vermektedirler ve hücrenin menfaatine bir netice için fedakarane, adeta bilgece ve büyük bir teknik maharetle çalışmaktadırlar. Bir proteinin üretilmeye başlandığı o ilk andan imha sürecine yani son ana kadar çok fazla sayıda farklı yapıya çok fazla sayıda farklı teknik özelliğe sahip yapıya ihtiyaç vardır.
Bu gördüğümüz teknik gerçeklere “zıtların çatışmasıdır” demek elbette ki son derece yanlıştır. Burada özetlediğimiz sürecin başından sonuna hiç bir aşamasında böyle bir durum söz konusu değildir. Kendileri şuursuz atomlardan oluşan bu yapıların başardıkları elbette ki hayranlık uyandırıcıdır.
Bütün bu detaylar gücün sadece Allah’a ait olduğunu anlamamız içindir. Rabbimizin gücünün her şeye yettiğini görürüz. Birçok insan hayatını devam ettirebilmesi için mutlaka gerekli olan bu harikalıkların farkında bile değildir. İman edenlerin farkı bu detaylar üzerinde düşünmeleri ve Allah’ın sanatını görerek ona baş eğmeleridir.
Gökten yere her işi O evirip düzene koyar. Sonra (işler,) sizin saymakta olduğunuz bin yıl süreli bir günde yine O’na yükselir. (Secde Suresi, 5)
- Evrim teorisi tesadüfü hayatın kökenine sokmaya çalışır. Ancak hayatla ilgili detayları incelediğimizde hiç bir yerinde tesadüfe yer olmadığını aksine mükemmel bir kontrol olduğunu görürüz. Peki neden?
- Bütün bilgimiz özel bir DNA zincirinde kodlanmıştır. Bu zincir ise olabilecek hatalara karşı yedeği ile (kardeş zincir) beraber yaratılmıştır.
- DNA’dan bilgi çoğaltma işlemini gerçekleştiren DNA polimeraz enzimi yaptığı her harfi kontrol eder. Hatalı bir çoğaltma var ise bunu düzeltir.[15]
- DNA’da oluşan hatalar kardeş zincire bakılarak düzeltilir. Bu kardeş zincirin yokluğunda ise -bütün gen yapıları en baştan mükemmel bile olsa- zamanla tamamen bozulmasına sebep olur. [16]
- DNA’daki hatalara duyarlı enzimlere ve robot moleküllere ihtiyaç vardır. Bu harika yapılar her biri özel bir hata türünü tespit eder ve bunu telafiye çalışır. DNA’yı başıboş bozulmaya bırakmaz. Örneğin fotoliyaz enzimi bakterilerde günde 300-400 kadar “timin dimeri” denilen bozukluğu giderir. Eksikliğinde de o bakteri evrilmez, ölür.
- DNA’daki kırıklar özel enzimlerce tamir edilir. [17]
- Hiçbir genin üretimi başıboş olmaz. Mutlaka proteinlerin miktarına göre üretim olur. Azsa çoğaltılır. Çoksa da bir şekilde hücredeki sayıları azaltılır.
- Görev yapan enzimler ihtiyaç olmadığı durumlarda etkisiz hale getirilmelidir. Mutlaka böyle bir kontrol yapıları ile donatılmalıdır. Örneğin kimi enzimler fosfat bağlandığında aktif olur, fosfat kaldırıldığında da tekrar aktivitesini kaybeder. Fosfatın eklenmesi ve kaldırılması da başka enzimlerce hücrenin o anki ihtiyaçlarına göre yapılır. Bu tip bir kontrol sisteminin olmadığı enzim hastalıklara kimi durumlarda da kanserlere yol açar. [18]–[19]
- Hücre içine giriş ve çıkış için mutlaka çok sayıda farklı tipte kapıya en baştan ihtiyaç vardır. Bu kapılar başıboş bir şekilde değil mutlaka kontrollü bir şekilde çalışmalıdırlar.
- Eğer bu kapılar az ise sayılarını artıran sistemlere, çok ise onları hücre zarlarından uzaklaştıran sistemlere ihtiyaç duyulur.
- Hücre içinde kritik maddeleri depolayan sistemlere de gereksinim vardır. Bu mutlaka kontrol altında olmalıdır. Örneğin demir iyonlarının fazla olduğu bir hücre sıvısı o hücrede çok sayıda serbest radikale ve bunun neticesinde DNA’da mutasyonlara, yağlarda ve proteinlerde bozulmalara sebep olur. Bu tip fazla olduğu durumlarda onları depolayan özel yapılar gereklidir. [20]
- Yukarıda da belirttiğimiz gibi DNA’dan önce reçete hükmünde olan mRNA, ondan da ribozomlarda proteinler üretilir. Gen seviyesinde ve protein seviyesinde kontrolün yanında mRNA seviyesinde de kontrol gerekir. Bu da başıboş bırakılmaz. Örneğin hücre içine alınan manganez iyonlarından sorumlu olan mRNA’yı düşünelim. Artık hücrede daha fazla sayıda manganez iyonuna ihtiyaç yoksa ve miktarı fazla ise, hücre kapısında yer alan manganez kapıları paketlenerek hücre içine alınır. Gen seviyesinde ilgili gen inaktif hale getirilir. Ancak hücrede hala kapı üretilmesini sağlayan mRNA şablonları bulunmaktadır. Bunlar da başıboş bırakılmaz ve miRNA ve siRNA gibi yapılarca yıkımını sağlayan bir sistem devreye girer. Burada da başıboşluğa yer yoktur.
- Hücre zarında çalışan kapılar değişen şartlarda ince ayar gerektirir. Örneğin kimi kapı proteinleri fosfatlanarak elektriksel özellikleri artırılır. Örneğin öğrenmede bu böyle olur. Bu da başıboş olmaz.
- Yukarıda da belirttiğimiz gibi hücredeki proteinler korunaklı ortamda bile olsalar zamanla bozulurlar. Bozulmuş halleri hücrelerde çeşitli hastalıklara yol açarlar. Bunun da engellenmesi için bu tip proteinler işaretlenir ve yıkılacak yerde yıkılırlar. Ne ilginçtir bu tip proteinleri etiketleyen ubikuitin adlı proteinlere dokunulmaz. Sadece bozuk protein hücredeki öğütme makinesinde küçük parçalara ayrılır. Bu kadar ince bir ayrım hücrede çok özel bir dikkat olduğunu göstermez mi? Gerçekten de buna tesadüfen oluyor demek vicdanlı bir davranış mıdır? Benzerini tasarlayamadığımız bir sistemin kendilerinden habersiz doğa kanunlarınca ve tesadüfen olduğunu iddia etmek samimi bir düşünce değildir. [21]
- Yukarıda da bahsettiğimiz gibi bütün aminoasitlerin, proteinlerin, metallerin, enerji veren moleküllerin hassas sınırlarda olması gereken bir hücremiz bulunmaktadır. Mutlaka bütün bu yapıların azaldığı ve arttığı durumları takip eden sistemlere ihtiyaç vardır. Bu hassas sınırları takip etmek içinse hassas sensör moleküller ve gerekli önlemleri alacak sistemler olmalıdır. Böyle bir kontrol sistemi bulunmayan hücre ölür. [22]–[23]
Şüphesiz Allah, gökleri ve yeri zeval bulurlar diye (her an kudreti altında) tutuyor. Andolsun, eğer zeval bulacak olurlarsa, Kendisi’nden sonra artık kimse onları tutamaz. Doğrusu O, Halim’dir, bağışlayandır. (Fatır Suresi, 41)
Hücredeki her detaya baktığımızda gördük ki müthiş bir sanat, akıl, bilgi, beceri, dikkat, kontrol, elele verme, adeta planlama yapan yapılar ile donatılmışlar. Ancak bütün bu yapıların kendisi ise şuursuz, aciz, kendinden habersiz atomlardan oluşmuştur. Onlardaki bu üstün vasıflar onlar üzerinde tecelli eden yaratıcımızı bize tanıtır. O’nun bize ne kadar şefkatli olduğunu anlarız, ne kadar özel bir yaratma ile var olduğumuzu görürüz. Hücrenin her noktası bir yıldız gibi Allah’ın varlığını gösterir. Tesadüfe yer bırakmaz. Bütün bu yapıların kendisi esasen acizdir. Ancak İhlas suresinde Allah’ın buyurduğu gibi Allah Samed’dir. Varlıklar alemi bütünüyle O’na muhtaçtır. O’nun yardımı olmadığında ise her şey yokluğa yüz tutar. Birbirinden pek farklı işlerin çok hassas dengelerle birbirine bağlı olduğunu gördük. Bu hassas bağlantı herşeyi gören, bilen, herşeyin en ince detayına kadar kontrolü altında tutan Allah ile vardır. Yaratıcımız İhlas suresinde buyurulduğu gibi Birdir.
Bilim Allah tarafından Kuran’da farz kılınmıştır:
Onlar, ayakta iken, otururken, yan yatarken Allah’ı zikrederler ve göklerin ve yerin yaratılışı konusunda düşünürler. (Ve derler ki:) “Rabbimiz, Sen bunu boşuna yaratmadın. Sen pek Yücesin, bizi ateşin azabından koru.” (Ali İmran Suresi, 191)
Müslümanlar bu yeni yüzyılda İslam’ın güzel yorumu ile bütün insanlığa örnek olacaklar. Bu detayları öğrenerek içimizde Allah’a karşı hayranlık dolu coşkulu sevgi ve korku olur. Allah ile hayat çok güzeldir.
Kaynak ve Detaylı Notlar:
[1] D. Voet and J. G. Voet, “Biochemistry,” 4th Edition, 2011 Sayfa 367 Proteinler aminoasitlerden oluşur. Aminoasitlerin her biri 3’er harfli kodon adlı DNA’daki şifrelerle kodlanmıştır. 3 tane harf ile toplam 64 çeşit farklı kelime yazılabilir. Bu harflerin 3’ü mRNA’da UAA, UAG, UGA’dır. Bunlar proteinde sona gelindiğini anlatır. AUG kodonu metionin adlı aminoasiti kodlar. Bu da proteinlerin ilk aminoasitidir. Diğer aminoasitler kalan 60 şifre ile kodlanır. Bu çok akıllı bir sistemdir. Çünkü şifreleme işlemi hem böylece yedeklidir, hem de aminoasitler dışında işaret dizisi olarak da kullanılmışlardır. Her şifreleme sistemi akıl, zeka gerektirir. Hiç bir lisan tesadüfen olmaz. Mutlaka şuur gerektirir. Elbette ki her bir hücremizde bulunan muazzam bilgi sistemi de tesadüfler eseri değildir.
[2] Rédei, George P., ed. Encyclopedia of genetics, genomics, proteomics, and informatics. Vol. 1. Springer, 2008., Sayfa 1564
[3] Alberts, B., et al. “The cell cycle.” Molecular Biology of the Cell. 5th Edition. Garland Science, New York, NY (2008): Sayfa 263-328
Bu okumada yardımcı olan pek çok farklı tipde proteinin varlığı gerekir. Örneğin topoizomeraz enzimi DNA açılırken ortaya çıkan gerilimi azaltmak için DNA zincirini tek veya çift zincirden kırar ve DNA’nın öteki bölgesinden birleştirir. Bu sayede oluşan gerilimi azaltır. Bir başka ilginç yapı polimeraz enziminin DNA’ya bağlı kalmasını sağlar. Kimi proteinler açılan zincirleri ayrık tutmakta kullanılır. Bu iki grup protein sayesinde çoğaltmayı yapan polimeraz enziminin çalışabileceği bir alan olur.
[4] D. Voet and J. G. Voet, “Biochemistry,” 4th Edition, 2011 Sayfa 1375 Örneğin bakterilerde 3 adet başlangıç faktörüne, 3 adet uzatma faktörüne ve 4 tane de sonlandırma faktörüne gereksinim vardır.
[5] D. Voet and J. G. Voet, “Biochemistry,” 4th Edition, 2011 Sayfa 1349
[6] Nelson, David L., Albert Lester Lehninger, and Michael M. Cox. Lehninger principles of biochemistry. Macmillan, 2008., Sayfa 851-900 Onlarca enzim kendileri de başka enzimlerin ürünleri olan maddeleri kullanarak 20 kadar aminoasitin üretiminden sorumludur. Ayrıca hücredeki enerji seviyesi ve aminoasitlerin miktarına göre bu enzimlerin çalışmaları geribildirim mekanizmaları ile çok hassas bir şekilde kontrol altında tutulur.
[7] Walsh, Christopher T., Sylvie Garneau‐Tsodikova, and Gregory J. Gatto. “Protein posttranslational modifications: the chemistry of proteome diversifications.” Angewandte Chemie International Edition 44.45 (2005): 7342-7372.
Ribozom sonrası aşamada aminoasitlerde değişiklik yapan 1150 enzim sayısının tespiti 2005 yılındaki makalede yapılmıştır.
[8] Rosenzweig, Amy C. “Metallochaperones: bind and deliver.” Chemistry & biology 9.6 (2002): 673-677.
2002 yılındaki bu değerlendirme makalesinde proteinlerin yaklaşık üçte birinin metalleri barındırdığını ortaya koymaktadır. Örneğin solunumda, fotosentezde, sinir iletimi, toksit maddelere karşı savunma gibi son derece hayati işlemlerde kilit görevleri vardır. Metallerin proteine bağlanabilmesi için onlara özel bölmeler yer alır. Ayrıca metalleri bu bölmelere iletmekten sorumlu enzimler de gereklidir.
[9] http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/1999/press.html
[10] Alberts, B., et al. “The cell cycle.” Molecular Biology of the Cell. 5th Edition. Garland Science, New York, NY (2008): Sayfa 713-717
Hatta mitokondri gibi kompleks yapılara giden proteinler doğru yerlerine yerleşebilmeleri için içiçe geçmiş posta sistemleri ile kodlanırlar. İlk kod mitokondriye yönlendirilmesinde, diğer kod da organelde tam olarak nerede görev alacağına yönelik işaret taşır. Ayrıca proteinler dar hücre kapılarından geçilebilmeleri için öncesinde başka proteinlerce tam olarak katlanması engellenir. Örneğin mitokondri kapısından geçecek olan bir proteinin kapıdan geçebilmesi için bu şartlara sahip olması gerekir. Ayrıca kapıdan geçebilmesi için kapıda motor görevi gören proteini çeken bir protein kompleksine de ihtiyaç duyulur. Bundan sonra da içeri geçen protein görevini yapması için, onu uygun şekilde katlayan diğer bir şaperon proteinine ihtiyaç vardır.
[11] Alberts, B., et al. “The cell cycle.” Molecular Biology of the Cell. 5th Edition. Garland Science, New York, NY (2008): Sayfa 701-704
[12] Alberts, B., et al. “The cell cycle.” Molecular Biology of the Cell. 5th Edition. Garland Science, New York, NY (2008): Sayfa 388
Örneğin Isı şok proteinleri (HSP) hücre sıcaklığının yükseldiği durumlarda üretimleri çok artar ve proteinlerin tekrar katlanmasına yardım ederler (örneğin 37 dereceden 42 dereceye çıkan bir hücrede)
[13] Alberts, B., et al. “The cell cycle.” Molecular Biology of the Cell. 5th Edition. Garland Science, New York, NY (2008): Sayfa 390
[14] D. Voet and J. G. Voet, “Biochemistry,” 4th Edition, 2011 Sayfa 1409-1423
Bozulması gereken proteinler ubiquitin adlı bir proteinle E1 E2 E3 adlı üç enzim yardımıyla işaretlenir. Çok sayıda ubiquitin molekülü içeren bir protein, hücre için yok edilmesi gereken bir yapı anlamına gelir. Bu işaretlenmiş yapı, proteasome adlı kendisi de proteinlerden oluşan bir öğütme makinesinde küçük parçalarına ayrılır.
[15] Alberts, B., et al. “The cell cycle.” Molecular Biology of the Cell. 5th Edition. Garland Science, New York, NY (2008): Sayfa 268-271
[16] D. Voet and J. G. Voet, “Biochemistry,” 4th Edition, 2011 Sayfa 1214
Örneğin günde 10.000 kadar şeker nükleotid bağı hiç bir şey olmazsa bile açılır. Yani günde 10000 harf DNA’dan kopar. Ayrıca özellikle DNA’daki kimi azot harfleri oksitlenir. Yine harflere hiçbir enzim olmamasına rağmen metil grupları bağlanır. Yine hiçbir şey olmazsa bile günde 120 tane timin harfi DNA’da kodlamada yer almayan Urasil adlı başka bir moleküle dönüşür.
[17] D. Voet and J. G. Voet, “Biochemistry,” 4th Edition, 2011 Sayfa 1223
Hücredeki oksijenli solunum kimi kimyasal aktif ürünlerin oluşmasına sebep olur. Bu reaktif maddeler DNA’da kırılmalara sebep olurlar. Bölünen hücrelerin %5-10’unda herhangi bir zaman anında kromozmlardan birinin mutlaka kırık olduğu tespit edilmiştir. Bu kırıkları algılayan özel sensör proteinler bulunur. Bu sensör protein diğer proteinlere haber vererek kırıklı yapıyı tamir edilmesini sağlar.
[18] Alberts, B., et al. “The cell cycle.” Molecular Biology of the Cell. 5th Edition. Garland Science, New York, NY (2008): Sayfa 175-176
[19] Alberts, B., et al. “The cell cycle.” Molecular Biology of the Cell. 5th Edition. Garland Science, New York, NY (2008): Sayfa
Allah hücrelerimizde tümör baskılayıcı genler yaratmıştır Bu genler hücrelerimizin kontrolsüz biçimde çoğalıp kansere yakalanmamızı engeller. Bu işlemler sırasında çok sayıda protein birbiri ardınca biri diğerini tetikler. Bunlardan biri olan TGFβ adlı sinyal yolundaki mutasyonlar bu proteinlerin kimisinin aktivitesini kaybetmesine ve pankreas ya da diğer organlarda kanser oluşumuna sebep olmaktadır.
Ya da hücre döngüsü(cell-cycle) kontrolünde sorumlu olan Rb proteinlerini düşünelim. Bu protein hücrenin bölünme devresine girmesine engel olur. Kanserli hücrelerde ya bu protein hiç olmaz ya da bu proteini de kontrol eden diğer proteinlerdeki kusurlar kansere sebep olurlar. Rb proteinin aktivitesinin kaybetmesinin bir yolu da yapısına fosfat katılmasıdır. Ancak bu işlemin son derece kontrol altında ve doğru zamanda yapılması gerekir. Çünkü aktivitesini kaybeden Rb’li bir hücre kansere sebep olacaktır. Rb proteinin fosforlama işlemi Cyclin D – Cdk4 kompleksi ile yapılmaktadır. Ancak bu kompleksin de en baştan kontrol sisteminin varlığı şarttır. Çünkü bu kompleks Rb’yi fosfatlayarak aktivitesini kaybetttirecek ve neticede kansere sebep olacaktır. Bu maddelerin miktarı da önemlidir. Miktarının kontrolü de gerekir. Örneğin göğüs kanserinde Cyclin D – Cdk4 proteinleri fazla üretilir bu da hücrenin giderek daha fazla bölünmesine sebep olur. Ayrıca proteinlerin yani Cyclin D – Cdk4 proteinlerinin yanlış zamanlarda çalışmamaları gerekir. Örneğin hücren stress altındayken. Nitekim bu tür durumlarda üretilen p16 proteini Cyclin D – Cdk4 protein kompleksinin Rb proteinine bağlanmasına engel olur. Bu sayede Rb proteini forforlanamaz. Bunun neticesinde Rb proteini aktif halde kalır. Böylece görevi olan hücrenin bölünmesi evresine müdahale eder. Böylelikle hücre bölünemez. Doğrusu bu alınan kararların kritik ve burada anlatılan adımların da anlamasının dahi zor olduğu açıktır. Bu tip dikkat gerektiren bir düzenlemenin tesadüfen olamayacağı açık değil midir? Nitekim p16 geninin kontrolünün kaybedildiği durumlar da kansere sebebiyet verir.
Bu tip zincirleme şekilde biri diğerini tetikleyen sistemin genlerinde meydana gelen mutasyonlar hücrelerde kansere sebebiyet verir, evrime değil.
[20] Andrews, Simon C., Andrea K. Robinson, and Francisco Rodríguez-Quiñones. “Bacterial iron homeostasis.” FEMS microbiology reviews 27.2-3 (2003): 215-237.
Demir iyonları Fenton reaksiyonları yolu ile serbest radikaller oluşmasına sebep olur. Serbest radikaller de hücreye zarar verir. Bunun için hücredeki fazla demir iyonları depo edilir. Örneğin ferritin adlı depo proteininde 2000-3000 arasında demir iyonu depo edilir. Bütün bu depo proteinlerine rağmen hücrede bahsettiğimiz reaksiyonlar yoluyla serbest radikaller oluşur. Bunlar da başka koruyucu enzimlerle (SOD gibi) etkisiz hale getirilirler. Bu koruyucu enzimlerin varlığı da sağlıklı bir hücre için şarttır.
[21] D. Voet and J. G. Voet, “Biochemistry,” 4th Edition, 2011 Sayfa 1409-1423
[22] Andrews, Simon C., Andrea K. Robinson, and Francisco Rodríguez-Quiñones. “Bacterial iron homeostasis.” FEMS microbiology reviews 27.2-3 (2003): 215-237. Örneğin bu makalede bakteride Fur adlı proteinin demir bağlı olduğu halde 35 kadar proteini ne şekilde etkilediğinden örnekler veriyor. Fur proteini Fe2+ iyonu bağlandığında (demirin atomunun iki elektron kaybetmiş hali) tam da yapması gerektiği işi yapar. Demirin Fur’a bağlanması hücrede fazlaca demir iyonu olduğu anlamına gelir. Tam da bu durumda Fur demiri depolamaya yarayan Bfr genini aktif hale getirir. (Bfr bacterioferritin adlı demir depolamaktan sorumludur) Böylelikle ortamda bulunan fazla demir depolanacağı proteinler üretilir. Aynı Fur proteini aynı zamanda demiri hücre içine almaya yarayan kapı proteinlerinin yapımından sorumlu genleri bloklar. Elbetteki bu mükemmel bir sanattır. Yanına yanaşamadığımız benzerini yapamadığımız bir sanat.
[23] Rowbury, Robin J. “Extracellular Sensors and Extracellular Induction Components in Stress Tolerance Induction.” Bacterial Physiology. Springer Berlin Heidelberg, 2008. 263-292. Ortamın fiziksel şartlarını algılamada çok ilginç özellikler kullanılabilmektedir. Örneğin bazı bakterilerde asitlik oranı ölçen 8 farklı asitlik düzeyinde aktif olan sensör moleküller tespit edildi.